أنشئ المركز الوطني للمعلومات الصحية سنة 1957م تحت مسمى قسم الاحصاء، ثم تدرج للعديد من المسميات وصولاً الى سنة 1991 حيث أصبح المسمى إدارة الاحصاء والسجلات الطبية، ومنذ عام 2013، وبموجب القرار الوزاري رقم 80، تمت إعادة تنظيم الهيكل التنظيمي لإدارة الإحصاء والسجلات الطبية، ليُعرف بعدها بالمركز الوطني للمعلومات الصحية. تتضمن المادة الثانيه من القرار الوزاري رقم 80 الهيكل التنظيمي للمركز الوطني للمعلومات الصحية، والذي يشمل المراقبات والأقسام التالية:
